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國家重大科學研究計劃是《國家中長期科學和技術發展規劃綱要(2006-2020年)》部署的、引領未來發展、對科學和技術發展有很強帶動作用的基礎研究發展計劃。十一五期間啟動的重大科學研究計劃包括蛋白質研究、量子調控、納米、發育與生殖、全球變化、干細胞研究等6個領域。